Giáo hội phương Đông và giáo hội phương Tây đã chính thức tách ra vào năm 1054. Sự chia rẽ này có nguyên nhân bởi các vấn đề chính trị hơn là những tranh luận về những tín điều. Các Giáo hoàng đã mất lòng với các hoàng đế khi liên minh với vua của người Franks, một đối thủ cạnh tranh của hoàng đế Roma, chiếm đoạt thủ phủ Ravenna và cố gắng xâm nhập vào miền Tây Italy.

Vào thời trung cổ (Middle Ages), các Giáo hoàng đã có sự tranh chấp với hoàng đế về quyền lực. Giáo hoàng Gregory VII (1073-1085), đã chính thức giới hạn việc sử dụng của từ "papa," để chỉ dành riêng cho vị Giám mục của Rôma mà thôi. Từ năm 1309 tới 1377, Giáo hoàng không cư trú ở Roma nhưng là ở Avignon. Các Giáo hoàng ở Avignon có những tính xấu xa như sự tham lam và sa đọa. Trong suốt thời kỳ này, Giáo hoàng là một đồng minh tích cực của nước Pháp, xa lánh những kẻ thù của Pháp, như Anh.

Giáo hoàng nhận thức được rằng để tạo nên một cái "kho" xứng đáng được xây dành cho các thánh và Chúa Ky-tô, nên các ngài đã cho phép xá tội, giảm bớt thời gian đền tội trong luyện ngục. Điều này đã chỉ ra rằng một đồng tiền hoặc vật dâng cúng, sự thú tội, và cuối cùng là cầu nguyện đã khiến cho mọi người hiểu rằng sự xá tội phụ thuộc vào số tiền được dâng cúng. Giáo hoàng đã bị chỉ trích vì sai lầm và lạm dụng nhưng nó cũng đã thu lại một khoản lợi tức lớn dựa trên quyền miễn tội.

Các Giáo hoàng cũng đã đấu tranh với các hồng y, những người đôi khi cố gắng để khẳng định quyền của công đồng trên quyền của Giáo hoàng. Học thuyết do hội đồng Giám mục tuyên bố rằng thẩm quyền của giáo hội thuộc quyền của công đồng chung, chứ không thuộc Giáo hoàng. Nền tảng cho học thuyết này đã có từ đầu thế kỷ XIII và lên đến cực điểm trong thế kỷ XV. Sự thất bại của học thuyết do hội đồng Giám mục đưa ra đã đưa tới chiến thắng sau thế kỷ XV như là một nhân tố của phong trào Kháng cách.

Có nhiều Giáo hoàng giả khác nhau đã chống lại quyền lực của Giáo hoàng, đặc biệt là trong thời kỳ ly giáo phương Tây (1378-1417). Trong thời kỳ này, các Giáo hoàng đã rời Avigon và quay trở lại Roma, nhưng một Giáo hoàng giả đã tự tấn phong ở Avigon, như là sự kéo dài Giáo hoàng ở đây.

Giáo hội Đông phương đã tiếp tục không đồng ý với hoàng đế Đông Roma (Byzantine) về một sự nhún nhường (?) để đạt tới sự bình đẳng với Roma. Hai lần hoàng đế Đông phương đã cố gắng để hợp nhất giáo hội Đông phương với giáo hội Tây phương. Giáo hoàng đòi hỏi rằng thẩm quyền không bị dính chặt trong sự hợp nhất trong bất kỳ sự kiện nào. Vào thế kỷ XV Ottoman Turks đã chiếm Constantinople.